ФГБУ «ГосНИИЭНП» является ведущим Российским исследовательским центром в области фундаментальной и прикладной экологии. По итогам оценки результативности деятельности за период 2014-2018 годов (приказ Федеральной службы по надзору в сфере природопользования от 28.01.2020 № 51 «Об итогах оценки результативности деятельности организации ФГБУ «ГосНИИЭНП», подведомственной Росприроднадзору, за период 2014-2018 годов»).
Выполнение научно-исследовательских, проектных и технологических работ и оказания услуг в целях обеспечения реализации предусмотренных законодательством Российской Федерации полномочий Росприроднадзора, в том числе обеспечения функций по контролю и надзору в сфере природопользования, охраны окружающей среды, в части, касающейся ограничения негативного техногенного воздействия, и в области обращения с отходами (за исключением радиоактивных отходов), обеспечения проведения государственного экологического контроля и мониторинга окружающей среды.